Klinika koní je univerzitným vedecko-pedagogickým multifunkčným pracoviskom so zameraním na diagnostiku, terapiu a prevenciu chorôb koní. Zastrešuje problematiku internej medicíny, ortopédie, chirurgie, reprodukcie, zobrazovacích techník, anesteziológie. Kone sú poukazované na kliniku veterinárnym lekárom alebo sú objednávané priamo majiteľom. Klinika poskytuje 24 hodinový servis riešenia naliehavých stavov.